嘉靖元年(1522年),径山大师仙逝,慧智禅师出任灵源寺住持继续传道。慧智禅师俗姓郑,名宁俊,南安溪尾人,正统五年出家南安雪峰寺,景泰六年徒步往晋江灵源寺求道。慧智大师接任住持之后,以“行动派”著称,常常为百姓送药上门,询问百姓生活状况,同时对药材粉碎方法进行改良,造福山中百姓。
当时不少山中老百姓上灵源寺请药,寺中香火鼎盛,可谓门庭若市。但不少百姓住所离寺庙有一定距离,有突发疾病之时便无法及时治疗,为此,慧智禅师开始了他的送药计划。每天,在配好药材之后,慧智大师便交代僧人做好菩提丸(即今灵源万应茶),供给前来请药的百姓,而自己则徒步山中,寻访各户人家,为大家送药。常有老百姓跪地感谢,纷纷赞颂灵源寺道义精神。一天,慧智禅师在山中遇见一个衣衫褴褛的乞丐,见到禅师乞丐便向其哭诉:“我们家老人不便行走,孩童还幼小需要照顾,我腹泻几日已经无力行走,请大师救命!”闻此状况,慧智禅师立马为其把脉,让其服下菩提丸(即今灵源万应茶),并搀扶乞丐回到家中。见其家徒四壁,慧智禅师担心类似状况再次发生,于是将身上所有菩提丸(即今灵源万应茶)留下,此后每次送药禅师都来到这户人家送药。
在送药的同时,由于菩提丸(即今灵源万应茶)虽经海印大师改进制作方法后,量和质有大大提高,但还是适应不了广大善男信女的需要,慧智禅师也向百姓们征求意见,来对药材加工方法进行改良。特别是药材粉碎,采用了民间脚跶石臼椿米粉的方法代替双手椿粉方法,好心的石匠、木匠给寺庙送来脚跶椿米石臼,一实验,果然生产量快了许多,而且药粉更细,不仅提高了生产量,和丸的速度也快了,这就为菩提丸(即今灵源万应茶)走出大山、传遍五湖四海提供必要条件。