经过战乱和饥荒之后，灵源寺本来就已年久失修的建筑更是破旧不堪，一遇到阴雨天气，漏雨不止。为此，灵源万应茶第12代传承人--泽行禅师开始了修葺寺院的工作。
泽行禅师，俗姓刘，名马骏，康熙四十七年（1782年）出家，乾隆二十六年（1761年）入主灵源寺，四十八年（1783年）集资重修寺宇。
每逢刮风下雨，灵源寺内总是滴滴答答的漏雨，不仅把经书弄湿，而且也让众多弟子无法安心入眠。对于菩提丸（即今灵源万应茶）制作来说更是灾难，采集回来的药材总是受到雨水浸湿，影响次日的制作工序；制作好的湿菩提丸（即今灵源万应茶）一时无法晒干，只好放在灶房内烘干，伙房师傅发现烘干的菩提丸（即今灵源万应茶）香味更好，告知泽行禅师，细心的泽行禅师经长期特殊观察和从百姓口中了解，确实了经烘焙干的菩提丸（即今灵源万应茶）的香味更好、放置时间更长、煎煮的药汤色香味更浓、澄明度更好，甘甜可口、入口醇和，效果更佳。为此泽行禅师决定将所有湿菩提丸（即今灵源万应茶）先晒至半干后再进入新修建的烘焙坊内低温烘焙至干，这一改革，不仅提高了生产效率，也降低一定的劳动强度，更重要的是进一步提高了菩提丸（即今灵源万应茶）的药效。（此法用现今的话称“自然发酵”过程）
重修庙宇的想法在泽行禅师脑中思量许久，可是筹集资金是个大问题。为此，泽行禅师开始下山集资。在战乱时，灵源寺济世救人，也给过不少大户人家恩惠，帮助过不少能人贤士，加上之前不少世祖广交名士，所以筹集资金依旧有门路可寻。泽行禅师就此循着这条线索，拜访各路名士，希望能筹集一定资金来修葺寺庙。一段时间的奔波之后，不少被访者愿意出资，更有贤达人士听闻此事后主动出资帮助修建寺庙。于是，利用筹集的资金，泽行禅师发动寺内弟子开始修葺寺庙，该补修之处补修，该重建之处重建。不到一季，灵源寺便焕然一新，来请药之人也纷纷称赞。而修葺之余，泽行禅师还为菩提丸（即今灵源万应茶）专门修建一间地势较高、干净通风、不易潮湿的房间，专门制作了一些有盖的大圆木桶，桶底与地板架空，将菩提丸（即今灵源万应茶）制作之后摆进这些“大圆木桶”中，保证了菩提丸（即今灵源万应茶）不受潮、不蛀虫，进了“专柜”的菩提丸（即今灵源万应茶）更便于保存，也有了更长的保质期{民间有菩提丸（即今灵源万应茶）愈久愈好之传说}，也保证了质量。供来请药的百姓方便领取，不至断药。从此，新庙宇里的菩提丸（即今灵源万应茶）也摆进了“专柜”，此后代代相传。（这些工具现今存放于灵源药业公司的历史陈列馆内，供民众参观）
